一座寺庙的文化精神内核，离不开历代高僧对于佛和禅的理解和推广。
石佛寺作为宗教和文化并重的寺院，在嘉兴所有的寺院中，如以文化而论，当以石佛寺为第一。石佛寺历代僧人中出现很多文学僧，李日华说石佛寺“僧率恬雅好文”，这是石佛寺的一大特色。所以，说到石佛寺，肯定离不开那些为石佛寺做出巨大贡献的高僧。
允才
元·夏文彦《图绘宝鉴》作“允才”，赵文华《嘉兴图记》作“元才”，字雪岑，石佛寺僧，元代著名画家，所作墨梅竹松似丁子卿。
子敬
石佛寺僧，石佛寺在元末兵火中受到极大破坏，子敬于明英宗正统年间（1436—1449）重建石佛寺。
圆方
石佛寺僧，石佛寺“八景”闻名遐迩，但到了嘉靖年间却已经破败不堪，嘉靖四十二年（1563），圆方重修寺院，使“八景”焕然一新。
法济
法济，字慈航，嘉兴人，明代晚期石佛寺僧，著有《竹间语》，与李日华交善，李诗"竹间新语在，风味似卢能"云云，即指法济。法济也善诗，其《得养性兄书》诗云：故人寄我白云笺，梦里深谈去住缘。萍散偶随鸥浪远，松高不免兔丝缠。舒怀晚啸千岩月，薄视秋横万里天。悬想已知河海味，归來共煮故山泉。
本中，字养性，明代晚期石佛寺僧，有《过本觉寺三过堂》诗：文翁兰若接村墟，满径蒿莱岁月余。塔拥珠光衔舍利。池涵碧水浸芙蕖。疏花鸟语和清梵，古壁蜗涎学篆书。寂寂空堂谁复过，去来今事总成虚。
允冲
允冲（？-1625），又作允充，字真谧，海宁人，俗姓顾，出家石佛寺，礼一洲和尚为师，后在石佛寺闭关多年，潜心研读三藏。他在文人士大夫中影响巨大，是明代晚期嘉兴佛教界的翘楚，徐必达、岳元声、李日等都与他结方外交。在他的主持下，石佛寺建起了禅堂，又重修了大殿、廊房、大悲殿、伽蓝殿，被称为"本堂开山之祖"。他也是继紫柏大师后嘉兴佛教界最早贮藏《嘉兴藏》的人，并且重建了藏经阁，以为贮藏之所。允冲大师影响所被，不仅奠定了石佛寺在嘉兴佛教界的领袖地位，而且更使"十方游锡，参峨嵋，礼洛迦者，闻石佛名无不纡径而至"，在佛教徒的心目中，石佛寺俨然可与峨嵋、普陀相媲美，至此，石佛寺才真正有了质的飞跃。可以说，允冲大师是石佛寺僧人最大的功臣。
圆澄
圆澄（1561-1626）， 字湛然，别号散木，绍兴人，俗姓夏，得戒于"明末四大高僧"之一的莲池大师，嗣法于大觉方念。圆澄受到莲池大师的器重，甚至以古佛期之。 圆澄大师开始时与六祖一样，并不识字，但他勇猛精进，掩关六年后，一旦豁然贯通，讲经典俱有妙理，成为继"四大高僧"后的又一位影响颇巨的高僧大德。他的著作《楞严臆说》、《法华意语》、《金刚三昧经注》、《涅盘会疏》、《慨古录》、《宗门或问》、《湛然圆成禅师语录》等。他有一首著名的禅诗，充满机锋，诗云：白云与我最相知，我住山时它亦随， 侵早和风辞嶂外，晚来依旧护柴扉。
圆澄湛然大师是李日华的方外友，明神宗万历年间，在石佛寺僧允冲、韵松及李日华等人的邀请和促成下，大师来到石佛寺讲《妙法莲华经》，一事听众云集，多达千人，成为嘉兴佛教史上的一大盛事，李日华为此写下了《石佛寺讲妙法莲华经募营千人斋供疏》。
除了以上各位主要僧人外，石佛寺在历史上留下名字但事迹不详的僧人还有存心、古心、韵松、道光、守谦、石林等等。
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